¿Por qué un plásmido que no se ha cortado muestra dos o tres bandas en un gel de agarosa?

    Cuando se extrae el DNA plasmídico de las bacterias, obtenemos algo que consideramos un producto purificado, pero habitualmente habrá moléculas de plásmido en tres formas topológicas diferentes. Tal como se describe en las páginas siguientes, estas tres formas, conocidas como superenrollada, relajada y lineal de longitud completa, tienen todas el mismo tamaño molecular (nº de pb), pero diferente forma.

    Puede generarse una idea equivocada debido al modo como pensamos en los geles. Habitualmente, pensamos que el gel separa el DNA de acuerdo con su tamaño (nº de pb), pero esto sólo es cierto si todas las moléculas de la muestra tienen la misma forma. La FORMA de la molécula afecta a su velocidad de migración o avance por el gel. Como se muestra aquí, es posible ver las tres formas de la molécula, con el mismo número de pares de bases, en la misma calle del gel. Es, de hecho, más frecuente que las dos bandas superiores avancen juntas como una sola.