Activa y desactiva la rotación continua de la molécula alrededor del eje  Y. Esto también puede hacerse desde el menú de Chime.

Aumenta o disminuye (+), (-) el tamaño de la molécula un  16% por cada click. Puede también obtenerse manteniendo apretada la tecla de mayúscula y moviendo el ratón sobre el fondo gráfico de la molécula .

Cambia el color de fondo, alternando entre blanco, gris oscuro y negro. El fondo puede ofrecer el color que queramos con el comando "background <color>", donde <color> es el nombre de un color reconocido por Chime (En Inglés). O también pueden utilizarse colores arbitrarios.

Muestra/oculta todas las moléculas de agua presentes en el archivo PDB.Si no hay moléculas de agua, no aparece nada.

Muestra/Oculta cualquier átomo hetero distinto del agua (típicamente cualquier molécula unida no covalente; también cualquier átomo no proteína, no DNA, no RNA, como carbohidratos). Si no hay átomos hetero, no aparece nada.

Synchronizes mouse-directed movements. For example, if the TOP frame is active when you press the [Synch] button, the bottom frame will follow all mouse-directed movements you do in the top frame. However, mouse-directed movements done in the bottom frame will not be followed by movements in the top frame (unless you push the [Synch] button when the BOTTOM frame is active).

To turn off synchronization of mouse-directed movements, press the [Synch] button again.