Imprima este documento para su utilización como referencia. El objetivo de este Repaso Rápido es organizarle la Introducción a Protein Explorer. Encontrará instrucciones y enlaces a páginas de ayuda extensas en Protein Explorer. Es importante que dedique un tiempo a leer esta información ofrecida dentro de Protein Explorer, porque no se repetirá más adelante en este documento de Repaso Rápido.

1. Si no ha abierto Protein Explorer, inicie Netscape, y conecte con www.proteinexplorer.org.
(Protein Explorer requiere Netscape 4, con el programa de estructura química Chime 2 instalado en su ordenador. Si su navegador no es compatible, Protein Explorer le informará sobre cómo hacerlo compatible. Este programa no funcionará en Internet Explorer ni en Netscape 6.)
2. Lo primero que aparece es la página inicial o de acceso. En ella, haga click en el enlace grande Inicio Fácil a Protein Explorer.
Este enlace carga el dominio de unión al DNA, correspondiente a la proteína reguladora de la transcripción Gal4, unida al DNA. Para poder mostrar la visión en 3D de una molécula o estructura, Protein Explorer necesita un archivo de datos donde se especifiquen las posiciones de todos los átomos, denominado fichero de coordenadas o fichero PDB. Se pueden obtener todas las estructuras de macromoléculas publicadas conectando con Protein Data Bank (PDB). (Una secuencia de aminoácidos sola no puede utilizarse para ver una estructura 3D en Protein Explorer). Cada archivo PDB posee un código único de identificación formado por 4 caracteres. El código para el complejo Gal4:DNA es 1d66.
3. Una vez iniciada la sesión en Protein Explorer, debe verse la molécula, junto con la página descrita como Vista Preliminar. Dedique un tiempo para digerir la información de esta página -- ¡es importante!
En este momento puede ignorar la ventana marcada como "Entre los comandos aquí" -- Se trata de una herramienta para usuarios expertos . Protein Explorer puede utilizarse de forma muy eficiente sin introducir comandos en esta ventana.
4. Junto al borde inferior del marco Vista Preliminar se encuentra un icono rojo y amarillo con un signo de interrogación, el Botón de Información de la Molécula . Este botón se encontrará en todas las páginas. Haciendo Click sobre él se abre la ventana correspondiente a la información sobre la molécula, de forma que pueden explorarse los recursos aquí. Si tiene prisa, la opción  más importante es Secuencias. (Es recomendable posponer Seq3D hasta más tarde).
Lo más importante que se obtiene de Secuencias es una rápida inspección de las secuencias de las cadenas de proteína y ácido nucleico. (Las secuencias de carbohidratos no se mostrarán aquí, aunque en cualquier caso no hay carbohidratos en 1d66.) En el caso de 1d66, observamos que la cadena B es idéntica a la A. Algunos archivos PDB contienen discontinuidades -- típicamente regiones donde la cadena no ha podido resolverse en 3D. Son fáciles de detectar en la ventana Secuencias.
5. La ventana de información sobre la Molécula también contiene un enlace importante a Ayuda, Índice y Glosario. Échele un vistazo -- puede encontrarlo útil ahora y más adelante.
6. En la parte inferior de la página Vista Preliminar hay un enlace a Formulario de registro y Observaciones. Si dispone de 2 o más horas para su Vista Rápida, puede que le sea útil imprimir el formulario y anotar sus observaciones. Si quiere completar su Repaso Rápido en una hora o menos, es recomendable no utilizarlo.
7. Cuando haya finalizado la página Vista Preliminar, ya debería saber cuántas cadenas de proteína hay en la molécula, cuántas de ácido nucleico, qué ligandos están presentes, si hay moléculas de agua y si existen puentes disulfuro.
8. Haga click en ¡Explorar más!, que le llevará a Vistas Rápidas, un sistema de 3 menús. Vistas Rápidas constituye el núcleo básico del potencial de Protein Explorer como un programa fácil de usar. Intente aquí cualquier cosa que pueda interesarle. En los siguientes apartados del Repaso Rápido le introduciremos en las posibilidades más importantes (no todas) que le ofrece Repaso Rápido.
9. Extremos Amino y Carboxi. En Vistas Rápidas, las selecciones en los menús VISUALIZACIÓN y COLOR siempre operan sobre los átomos seleccionados. Abra el menú SELECCIÓN, y haga click en "Todos". Observe el recuento de átomos seleccionados debajo de la molécula. Ahora haga SELECCIÓN:Cadenas, COLOR: N->C Arcoiris. ¿Qué extremo de la cadena de proteína se sintetiza primero?
La proteína Gal4 entera contiene 881 residuos. Sólo se cristalizaron los primeros 65 residuos del extremo amino terminal en 1d66.
10. Estructura Secundaria SELECCIÓN: Proteína, VISUALIZACION: Cintas 3D, COLOR: Estructura. En 1d66, observar que las 2 alfa-hélices más largas son paralelas.
Observe que cada operación en Vistas Rápidas automáticamente despliega una ayuda detallada en la ventana central. Es importante que mire esta ayuda ya que no se repetirá aquí.
11. Pruebe los Botones de la fila superior Giro, Zoom, Fondo 'Bkg', Agua, y ligando. Estos botones son todos teclas (excepto para el Zoom+ y -) de forma que es necesario hacer click dos veces sobre cada uno de ellos para apreciar lo que hacen. Se trata de atajos para operaciones que se realizan con frecuencia; se encuentran asequibles en todas las páginas de Protein Explorer (excepto en Vista Preliminar).
12. Distribución de residuos hidrofóbicos. Con Proteína seleccionada, PRESENTACIÓN: Esferas, COLOR:Polaridad2. Esta opción es más fácil de ver con fondo de pantalla negro (haga click en el Botón 'Bkg'). Observe en 1d66 una fila hidrofóbica de átomos en la que las dos alfa-hélices más largas están en contacto una con otra. Podemos verlo más claramente utilizando el botón 'Sección'. ¿Por qué las cadenas laterales hidrofóbicas se agrupan en esta región?
La presencia de grandes porciones hidrofóbicas en la superficie de una proteína (no observable en 1d66) puede indicar áreas de contacto proteína-proteína, o bien en casos extremos, que la proteína se ubica en un medio hidrofóbico, por ejemplo una bicapa lipídica. Un ejemplo de esto último es el canal de potasio 1bl8.
13. Carga Neta. COLOR:Polaridad5. ¿Cuál cree que es la carga neta de la proteína 1d66? ¿De qué forma explica la función de Gal4?
14. Contactos con el ligando. Selección: ligando, Visualización: contactos. En el caso de1d66, verá 2 pares de átomos de cadmio, rodeados por sus contactos, suprimiéndose la visión del resto de la molécula.
15. Centrar. Haga click en el Botón "Centrar", y apriete la opción OK en la ventana flotante de interrogación. Haga Click sobre alguno de los átomos amarillos. El átomo se moverá al centro de la pantalla. Haga Click en Zoom+ repetidamente hasta que vea la estructura centrada con claridad.
16. Utilización de los Controles de Contactos. El ligando (1d66: un par de átomos de cadmio) se representa por su superficie de Van der Waals. Oculte la superficie y haga click en el botón "Ligandos" de forma que los átomos del ligando se muestren como esferas.
Consejo: Si la ayuda de Contactos no es visible, haga click en "Restablecer Ayuda de Contactos y Controles". En la ayuda de Contactos, baje hasta encontrar la opción "Superficie: Transparente, Oculta, Sólida", y haga click en Oculta. Ahora haga click en el Botón de "Ligando" hasta que los átomos del ligando aparezcan como bolas. Para mostrar el ligando como bolas y bastones, haga click en "Átomos dentro +fuera de la superficie: 7 Å". (Esta opción también muestra los enlaces covalentes, si existen, entre los átomos dentro y fuera de la superficie)
1d66: ¿Qué elemento químico representan las bolas amarillas?
Consejo 1: Si la ayuda de Contactos no es visible, haga click en "Restablecer Ayuda de Contactos y Controles". En la ayuda de Contactos, baje hasta encontrar el enlace "bolas y bastones", que están "coloreados según el elemento químico", y haga click. Haga click en Retroceder en la parte inferior para regresar a la ayuda de Contactos.
Consejo 2: Haga click sobre una bola amarilla y observe cómo se identifica en la ventana de mensajes (inferior izquierda).
1d66: ¿Qué elemento forma una jaula alrededor del cadmio? ¿Cuántos átomos de este elemento están unidos al par de iones de Cd ?
17. Contactos: Bolas frente a Bastones. Si la ayuda de Contactos no está visible, haga click en "Restablecer ayuda de Contactos y Controles". ¿Por qué algunos átomos fuera de la superficie se muestran como bolas, mientras otros átomos próximos se muestran como bastones? (Podemos mostrar la superficie otra vez haciendo click en "Superficie: Sólida" en el marco de ayuda de Contactos)
18. Situar los Contactos en el Contexto de la molécula. Si la ayuda de Contactos no es visible, haga click en "Restablecer ayuda de Contactos y Controles". Haga click en "Esqueleto: Mostrar". Con ello se seleccionan todos los carbonos alfa de los aminoácidos y todos los átomos de fósforo de los nucleótidos (1d66: 150 átomos). Haga click en el botón "Centrar", y a continuación otro click en Cancelar (Para centrar todos los átomos seleccionados). Haga Zoom a un tamaño menor de forma que pueda ver los ligandos y sus contactos en el contexto global de la estructura.
19. DNA fernte a RNA. Haga click en Vista preliminar: Reiniciar Vista. Cuando la pantalla de Vista Preliminar se reestablezca, haga click en ¡explorar Más! para volver a Vistas Rápidas. SELECCIÓN: Nucleico. (Si no se selecciona ningún átomo, puede saltarse esta etapa). En el marco de ayuda, haga click en el enlace distinguir DNA de RNA. ¿Qué representan las bolas grises? ¿Hay alguna ribosa presente?

Para encontrar y mostrar su molécula, vaya a www.pdblite.org. Cuando haya restringido su búsqueda a una molécula, haga click en el enlace Protein Explorer en la sección "View in 3D".
Si necesita una herramienta de búsqueda más avanzada, pruebe SearchFields en Protein Data Bank, www.rcsb.org. Existen recursos adicionales para encontrar moléculas, cadenas de moléculas, o agrupaciones moleculares en la página inicial de Protein Explorer.

Protein Explorer contiene un extenso Manual que cubre muchos aspectos que no se han mencionado en este Repaso Rápido