Anotaciones sobre observación de estructuras macromoleculares 3D
para Protein Explorer (Formulario nivel básico)
por Eric Martz, Mayo 2000    Formulario básico en PDF    Formulario de nivel avanzado
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Nombre _______________________________________ Código PDB ________

Nombre de la molécula ______________________________________________________

  1. ¿Cuántas cadenas tiene?
    2.  
    Nombre de la cadena* 
    ¿Proteína, DNA, o RNA? 
    ¿Número de residuos? ** 
    ¿Puentes disulfuro? 
    ¿Alfa hélices? *** 
    ¿Hojas plegadas? ¿Paralelas/antiparalelas? *** 
             
             
             
             
             
    *Consejo: haga click en la cadena y busque el "nombre" (código de una letra) en la ventana de mensajes.
    **Consejo: utilice la visualización de Secuencia (click , y a continuación haga click en Secuencias).
    ***Consejo: en Vistas Rápidas, utilice VISUALIZACIÓN: Cinta 3D, COLOR: Estructura.
  2. ¿Hay agua presente?

    3.  

     

  3. ¿Hay ligandos presentes (átomos "hetero" que no son solvente)? caso de encontrarse, ¿están unidos por enlaces covalentes o no-covalentes? ¿A qué tipo de residuos? (Consejo: SELECCIÓN Ligando, VISUALIZACIÓN Contactos. Haga Click en átomos enlazados para identificar sus residuos.)

    4.  

     
     
     
     
     
     

  4. En las proteínas solubles, los residuos hidrofóbicos tienden a ocultarse en el interior de los dominios. Grandes porciones de residuos hidrofóbicos en la superficie pueden significar lugares de interacción proteína-proteína. ¿Dónde ve concentraciones de residuos hidrofóbicos? (Consejo: VISUALIZACION Esferas, COLOR Polaridad3.)

    5.  

     
     
     
     
     
     

  5. Si la proteína está unida a ácido nucleico, ¿qué nucleótidos son reconocidos de forma específica por la proteína? ¿Cuáles se encuentran unidos de forma no-específica al esqueleto? (Consejo: SELECCIÓN Proteína, VISUALIZACIÓN Contactos, haga click sobre los átomos enlazados para identificar los residuos)

    6.  

     
     
     
     
     
     

  6. Comentarios/¿Alguna característica especial?

    7.