Contenido

  • Cómo cargar la molécula que desea.
  • La vista inicial de su molécula.
     

    • Cómo cargar la molécula que desea.

    Para ver la molécula que desea, se requiere un archivo con las coordenadas atómicas, al que denominamos archivo PDB dado que es el formato más común. Ud. puede cargar un archivo PDB a partir del disco duro de su ordenador, o bien, si posee conexión a Internet, puede conseguir el archivo directamente del Protein Data Bank (sin tener una copia en su disco).

    Cargar un archivo PDB a partir del disco duro de su ordenador.

    1. Una copia del archivo PDB deseado debe encontrarse en el disco duro de su ordenador. Instrucciones para descargar archivos PDB se encuentran en

    2. Apriete el botón Examinar. Cambie el tipo de archivo a Brookhaven PDB, .pdb.

    3. Utilice la ventana del diálogo examinar para localizar el archivo PDB file en su ordenador, y seleccione la opción Abrir. El nombre del archivo aparecerá en la ventana próxima al botón de examinar.

    4. Apriete el botón Cargar. La molécula debe aparecer en Chime (el rectángulo con las siglas "MDL" en la esquina inferior derecha).

    Cargar un archivo PDB vía Internet a partir del Protein Data Bank.

    La visión inicial de su molécula.

    La primera visión de su molécula mostrará las cadenas de proteína, DNA o RNA como esqueleto, con un color diferente color para cada cadena.

    Todos los átomos que no pertenecen a las cadenas mencionadas deberán ser denominados átomos hetero de acuerdo con la nomenclatura estándar PDB. Átomos Hetero incluyen todos los residuos atípicos de las proteínas, DNA o RNA, las moléculas de agua, carbohidratos, y ligandos o metales unidos no covalentemente. Los átomos Hetero se mostrarán como esferas de radio de van der Waals , coloreadas según el esquema CPK.

    Algunos archivos PDB (habitualmente obtenidos al margen del Protein Data Bank) pueden no obedecer la nomenclatura "hetero". Para asegurar que ninguna mitad es ocultada, todo lo que no es ( proteína, dna o rna o hetero) se muestra como bolas y bastones con colores CPK. Un ejemplo de ello es 1jsa.pdb, en el cual el primer residuo está miristoilado. Una peculiaridad es que tanto la glicina aminoterminal y el mirístico reciben el número 1. Esto confunde a RasMol/Chime, que evidentemente lee el nombre del residuo sólo a partir del primer átomo que tenga este número de residuo, con ello asume que los átomos de glicina son MYR. Sin embargo, los átomos de la glicina se designan ATOM mientras que los verdaderos átomos del mirístico son denominados HETATM, con lo que los átomos del complejo "MYR"-glycine no son reconocidos como proteínas y se muestran como bolas y bastones.

    Con objeto de ver los comandos del script que producen la visión inicial, utilice el panel [Control de mensajes] para mostrar el script de la visión inicial.