El comando de RasMol save script
A petición mía, Tim Maffett ha tenido la amabilidad de solucionar 4 de estas 5 limitaciones en los scripts guardados a partir de la versión Chime 2.0. (No se solucionó el problema de las superficies porque lo descubrí más tarde . Comandos sobre puntos pueden añadirse a los scripts una vez salvados con objeto de generar cualquier superficie de puntos )
Los Scripts guardados a partir de Chime contienen unos pocos comandos que no existen en RasMol. No obstante, los scripts guardados a partir de Chime funcionan bien en RasMol. RasMol emite mensajes de error cuando no reconoce el comando, si bien ejecuta el script completo.
Los scripts guardados a partir de RasMol o Chime tienden a ser innecesariamente largos. Estos scripts pueden tardar hasta un minuto entero en ejecutarse en Protein Explorer en el modo por defecto, donde se descartan los mensajes. Si requiere que todos los comandos del script se muestren en la ventana de mensajes, el desenredo del mensaje puede tardar más de 15 minutos. Incluso en RasMol, con moléculas grandes o imágenes complejas, los scripts generados pueden tardar varios minutos en generar una imagen.
La razón de esta lentitud se debe a que estos scripts son muy largos y contienen centenares de comandos de selección , cada uno seguido por un comando de visualización y de colorear. En el peor de los casos, la selección procede átomo a átomo.
La mayor parte de las secciones de estos scripts se ejecutan rápidamente. Como se ha mencionado anteriormente, es la sección relativa a la selección, visualización y coloreamiento la que se hace excesivamente larga -- la sección subtitulada # Atoms. En consecuencia se pueden acortar los scripts editando este apartado y reemplazando todos los comandos con comandos más simples que realizan el mismo trabajo. Veamos un ejemplo concreto para ilustrar este punto.
Generé una imagen en Protein Explorer, y a continuación la guardé como script. En RasMol, el mismo ejemplo podría utilizarse con modificaciones mínimas. El archivo PDB empleado, 105D, contiene 8 modelos de una estructura rara del DNA obtenida mediante análisis por RMN. Tras experimentar con distintos comandos para obtener la imagen deseada. Sumarizamos los comandos necesarios para seleccionar, visualizar y colorear los átomos deseados:
#SUMMARY OF SELECTION, RENDERING, COLORING wireframe 0.2 select t color yellow select c color red select backbone color white select phosphorus color cpk spacefill 0.8 restrict model=1 and not hydrogenAntes de guardar el script, había utilizado el ratón para ajustar la orientación y el zoom deseados. El script guardado contenía 1.142 líneas y empezaba de la siguiente forma:
#!rasmol -script # File: \s3vv9qel. # Creator: Chime Version 2.0 set load check on load pdb "105d.pdb" background [255,255,255] set ambient 60 set specular off reset slab off rotate z 171 rotate y -80 rotate x -172 translate x 1 zoom 167 center all translate center center set zoom center true set bonds off set axes off set boundingbox off set unitcell off set bondmode and dots offBorré todo lo que había en el script después de los comandos reseñados y añadí el sumario de comandos mencionados, creando un script de solo 39 líneas. En mi ordenador el script generado por Chime con 1.142 líneas tardó 20 segundos en cargarse antes degenerar una imagen, más otros 20 segundos antes de que PE estuviese en situación "ready" (con el Control de mensajes: Scripts called from the command slot unchecked!), un total de 40 segundos. En contraste, los scripts modificados manualmente tardaron menos de 3 segundos en producir la imagen y estar en situación de "ready".
En algunos casos, con objeto de obtener el resultado deseado, tal vez baste con reemplazar la sección # Atoms con sus comandos, manteniendo las secciones al final denominadas
# Ribbons # Backbone # Labels # Monitors # Definitions # Current Selection