¡Cómo se obtienen las estructuras macromoleculares en 3D?
  1. Determinación experimental

    1. Cristalografía de rayos X (83% de las entradas PDB)

    2. Determinación mediante espectroscopía de RMN (15% de las entradas PDB)
        Limitado a moléculas <=30 kD.

    3. Microscopía electrónica o difracción (0.3% de las entradas PDB)

  2. Teóricas

    1. Modelaje por comparación ("Homología").
      1. Se necesita un modelo que se haya determinado experimentalmente lo que limita su uso a ~20% de los casos.
      2. Errores en los alineamientos de secuencia con la proteína diana y el modelo producen errores en el modelo.
      3. Las inserciones o delecciones no pueden modelarse correctamente.
      4. Puede ser fiable para el plegamiento de la cadena principal, superfícies/partes ocultas; las posiciones de las cadenas laterales no son fiables.
      5. ~70% de éxito cuando existe >=60% identidad de secuencia.
      6. ~10% falla incluso con >=90% en la identidad de la secuencia.

    2. Modelaje teóricoAb initio.
      • Estructura secundaria: ~70% de exactitud.
      • REstructura terciaria: fiabilidad pobre para la mayor parte de los propósitos:
          "Para un 40% de las proteínas de tamaño inferior a 150 aminoácidos [<15 kD] ..., uno de los cinco métodos más usados ... ofrece una similitud global respecto a la estructura real suficientemente buena como para que sea reconocida ...." (Baker & Sali, 2001).
      • Biannual competitions: CASP.
      • Docking competition: CAPRI.

Por Eric Martz, University of Massachusetts, July 2003

Lecturas adicionales: