Els òrgans de direcció i gestió de l’EMaS són el Consell de Direcció, el director o directora, el secretari o secretària i el/la responsable/a de formació.

El director o directora proposat per primer cop per majoria simple del Consell de direcció, serà substituït amb un torn rotatori de cada dos anys, per un representant dels diferents grups de recerca que formen part del consell de direcció.

L’estructura organitzativa de l’EMaS es mostra en l’esquema següent: