Secuencias incompletas
Brechas o 'gaps' en las secuencias Varios residuos con el mismo número de secuencia |
PVTL.TW... .NSGSLSSGLas brechas pueden representar tres cosas distintas, que pueden distinguirse examinando la estructura 3D:
Los extremos de las cadenas pueden encontrarse desordenados en los cristales, de forma que es frecuente que los primeros y los últimos residuos no se vean en la estructura 3D de la cadena. Cuando una cadena se numera en relación a la secuencia de la cadena completa, y faltan los primeros residuos, Protein Explorer mostrará una brecha inicial. Pueden verse ejemplos en las cadenas 2 y 4 de 1fod. Protein Explorer no mostrará las brechas en el extremo debido a limitaciones en el mecanismo de presentación de secuencias de Chime.
Un único residuo hetero generalmente no producirá una brecha en la visualización del esqueleto, pero la posición de su carbono alfa no ocupará espacio en el trazado del esqueleto ya que las posiciones sólo se asignan a residuos no-hetero.
Otro ejemplo es 2soc, un octapéptido que contiene tres residuos atípicos "hetero". Utilice el método "Cómo visualizar" descrito más arriba. Nótese que la parte media del trazado del esqueleto sobrepasa el carbono alfa del residuo 4, y que el trazado no se extiende hasta los residuos primero y último.