• Quitar la rotación para aumentar la respuesta del programa. La rotación de la molécula consume una fracción importante de los recursos del ordenador. Todas las operaciones se realizan mucho más lentamente si la molécula está rotando. Se recomienda que desactive la rotación salvo cuando contemple extasiado la belleza de la molécula mientras rota .
• Dé a PE pantalla completa  si su pantalla es de 800 x 600 pixeles o menor.
• Dé tiempo a PE que ejecute las órdenes antes de continuar. Los indicadores  y  le indicarán cuánto tarda PE en completar las tareas en su ordenador. Sin embargo, este mecanismo no funciona siempre. Si Ud acelera las órdenes, haciendo click sobre enlaces y botones antes de que PE haya acabado su tarea anterior, pueden crearse problemas tales como un bloque permanente. Si ello ocurre, cierre la ventana y reinicie -- pero esta vez opere PE de forma más pausada.
El Comparator no tiene botones  "Ready/Busy" pero utiliza el mismo mecanismo interno.  Se recomienda tomarle el pulso al programa trabajando al principio con una sola molécula antes de utilizar el Comparator . 
• Si la molécula desaparece o se desplaza fuera de pantalla  cuando se rota, disminuya el zoom  (haga click sobre el botón [-] después de [Zoom+]) y reaparecerá. Mantenga el  zoom a un nivel menor cuando rote.
Chime tiene un espacio virtual limitado sobre el cual rota la molécula. Cuando estructuras grandes se muestran con  zoom grande, porciones de la molécula "golpean la pared" de este espacio, empujando la porción centrada fuera de lugar. Reduciendo el nivel de  zoom recentraremos la estructura y se reduce el problema. Si necesita rotar una pequeña porción de una estructura grande utilizando mucho zoom, la mejor solución es editar el archivo  PDB  para extraer la parte que nos interese en un archivo PDB nuevo mucho más pequeño.
• Con Macintosh, no intente modificar el tamaño de la ventana  mientras funciona PE, o tirar de los límites de los marcos. Cierre PE y reinicie con la ventana en el tamaño deseado. (Este problema en Macintosh Netscape Communicator se escapa a nuestras posibilidades de control.) Con Windows, después de modificar la ventana de  PE o tirar del límite del marco vertical, si se instaura una situación de bloqueo permanente (todos los botones/comandos son ignorados en el Comparator), haga click sobre  el enlace "reiniciar Chime" bajo la ventana de mensajes. 
• Tenga paciencia cuando cargue un archivo grande PDB de RMN. La mayor parte de los archivos RMN  PDB tienen varias megas de tamaño. Cuando se cargan, hay un período largo de tiempo con Chime en blanco y sin ocurrir nada. Tenga paciencia -- con el tiempo los conformómeros aparecerán.
• Aumentar el tamaño del marco comandos/mensajes? Si teclea comandos en la ventana de comandos con  frecuencia  , y si su pantalla es demasiado pequeña para ver el mensaje completo, tal vez prefiera aumentar el tamaño del marco inferior. Simplemente desplace el límite superior de este marco hasta conseguir más espacio y pueda ver el mensaje completo.
• Windows: si al hacer click se escucha un zumbido, apriete tabulador y  Alt. En Windows, a veces aparece un mensaje de alerta en una ventana e inmediatamente se ubica en el fondo antes de que se aperciba del aviso. Cuando esto ocurre, si hace click sobre botones o enlaces se escucha el zumbido ignorando la orden, esperando que Ud haga click sobre el botón "OK" situado en el mensaje invisible de alerta. Para ver el mensaje en la pantalla delantera, apriete tabulador + Alt una vez.

También es posible guardar los scripts con  PE. Una vez que ha obtenido la imagen deseada, utilice el menú de Chime: Edit, Copy Chime Script. Con ello copia el script en el portapapeles. A continuación pegue el Script desde el portapapeles a un editor de texto (Windows: Wordpad; Macintosh: Word), y guarde el Script con un nombre con la extensión .spt. Asegúrese de guardarlo como texto MS-DOS/ASCII .

Existen algunas ventajas al guardar los Scripts con Chime en lugar de con RasMol. Se describe en Reducción del tamaño de los scripts guardados con RasMol o Chime.

Los Scripts guardados con RasMol o Chime son frecuentemente innecesariamente largos y se enlentece su ejecución, si bien producen la imagen deseada. Es bastante fácil acortarlos enormemente.

(Los scripts generados con Chime funcionarán en  RasMol y en  Chime. Contienen algunos comandos no reconocidos por RasMol, y generan unos mensajes de error sin importancia en RasMol.)