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Protein
Comparator: comparación de una proteína soluble (desoxihemoglobina,
2hhd) respecto a una insoluble (canal de potasio, 1bl8). En Vistas
Rápidas, asegúrese de probar COLOR, Polaridad3.
Opciones para empezar el programa con sus propias
Moléculas
Para ver una molécula en Protein Explorer (PE),
debe primero escogerse un archivo con las coordenadas atómicas (denominado
frecuentemente un
archivo
PDB) que contiene la información para generar la estructura
3D de la molécula. (Protein Explorer no puede calcular la estructura
3D de una proteína a partir de la secuencia de aminoácidos
-- ver
Características
de los datos estructurales 3D.) Cada archivo PDB posee un código
único de identificación formado por 4 caracteres. Si no conoce
el código PDB que desea,
mire más abajo
cómo encontrarlo. Si conoce el código PDB que desea,
introdúzcalo en la
ventana de más arriba.
Si desea comparar 2 archivos PDB ("moléculas")
una junto a otra, introduzca los 2 códigos PDB en las ventanas siguientes
y haga click en el botón.
Busque, Encuentre su molécula
y haga Click en PE
Las estructuras publicadas de macromoléculas se encuentran
archivadas en el Protein Data Bank (PDB). La forma más común
de entrar en Protein Explorer es buscando la molécula que desee
y haciendo click en el enlace a Protein Explorer que se encuentra
en la página que contiene el resultado de su búsqueda.
PDB
Litees un formulario de búsqueda pensado
para no-especialistas, estudiantes y profesores.
Otros formularios de búsqueda que contienen
enlaces a Protein Explorer:
SearchFields
es un formulario avanzado de búsqueda ofrecido por
Protein
Data Bank/RCSB. OCA
es un buscador avanzado PDB del Weizmann Institute con algunas opciones
que no se encuentran en los formularios RCSB. Estructuras
cuaternarias probables (PQS) en European
Bioinformatics Institute (Hinxton, UK) ofrece "unidades biológicas"
ensambladas mediante oligomerización de moléculas (matemáticamente)
a partir de los archivos básicos PDB. Si su archivo PDB contiene
un homodímero, PQS le informará sobre si los contactos proteína-proteína
probablemente son reales o constituyen un artefacto del cristal. Si se
trata de un artefacto, PQS le ofrecerá cada cadena por separado
con el disolvente. Otra opción es conseguir cadenas únicas
conectando con
ExPDB
(sin disolvente ni ligandos). Alinear
moléculas y visualizar el alineamiento en PE en la dirección
Extensión
Combinatoria de Shindyalov y Bourne (San Diego, USA). Por ejemplo,
aquí se encuentran
1atp
alineado con 1cmk. (Este servidor sólo funciona con 2 cadenas,
y además los átomos hetero no se conservan; si quiere controlar
mejor los alineamientos, utilice SwissPDBViewer.)
Alinee las secuencias con Biology
Workbench y coloree una molécula según la conservación/mutación
con la herramienta MSA3D en Protein Explorer avanzado.
Enlaces que pre-especifican Moléculas
(en cursiva archivos no traducidos)
Ud puede crear páginas web que contengan enlaces que
pre-especifican moléculas para ser presentadas en Protein Explorer
o Comparator. Los archivos PDB pueden venir del Protein Data Bank o de
cualquier otro servidor, o de su disco duro local. Ejemplos:
Puede descargar archivos PDB para mantenerlos en su disco
duro local. La forma más simple para quien empieza es descargar
los archivos PDB utilizando
PDB
Lite.
Cuando utilice PE, puede usar su Botón
Búsqueda para localizar y cargar los archivos PDB guardados
en su disco duro.
PE recuerda los últimos 10 archivos que ha cargado
en la página con la opción "Cargar Moléculas" , y
le ofrece recordárselas a partir de una lista. Otra opción
es construir su propia página HTML en la que se encuentren
enlaces
con sus moléculas favoritas
PE simple
Si conoce los códigos PDB, o ha descargado y guardado
los archivos PDB en su disco duro local, o bien si ha cargado moléculas
que le interesen en una sesión reciente de PE, Ud puede especificar
a PE qué moléculas debe visualizar, una vez que haya iniciado
proteinexplorer.org
